Мачу Пикчу се намира в Перу на 2300 метра над морското равнище и на 112 км от Куско в подножието на Свещената долина на инките. Смята се, че Мачу Пикчу е бил част от много голям комплекс от крепости, които инките използвали за защита от набезите на индианците, обитаващи джунглата.
Градът е условно разделен на четири части. Северозападната е разположена в района, който вероятно се е използвал за религиозни цели. Именно там се намират и т.нар. Свещен площад, както и храмът на „Трите прозореца“, „Свещеният храм“, „Имението на свещениците“. Там е и слънчевата лаборатория, която позволявала на инките да определят годишните сезони и часа по сенките, хвърляни от слънцето върху камъните.
Предполага се, че най-големите жилищни сгради са изградени в североизточната част на комплекса. Наблюдателната кула заедно с други сгради са били разположени в югозападната част.
На югоизток от комплекса са били най-малките и скромни сгради, издигнати покрай тесни улички, близо до многобройните тераси. В най-долната част на терасите е гробницата, в която по време на разкопки, са били намерени 135 скелета и 109 от тях са били идентифицирани като женски. Това дава основание на учените да смятат, че жителите на Мачу Пикчу са били предимно жени, които инките си избирали и скривали в града, неизвестен за испанските завоеватели.
Древната крепост на инките е открита случайно през 1911 г. и оттогава е обект на исторически и археологически тълкувания. Тя продължава да възбужда любопитството на учените. Американският археолог Хирам Бингъм открива древния град по време на експедиция, организирана от престижния университет Йейл.
Съществуват различни хипотези за основните функции на града и начините, по които инките са го построили, тъй като районът е трудно достъпен. Голяма част от предположенията са направени от откривателя на града Бингъм. Според него Мачу Пикчу е било най-сигурното убежище на инките. Тук победеният инка Манко и неговите хора избягали след обсадата на столицата Куско през 1536 г. след проваленото въстание на инките срещу испанските завоеватели. 
Стратегическата позиция на Мачу Пикчу обаче е послужила за основа и на друга, доста популярна хипотеза. Според нея „крепостта“ служила за стражева охрана и била използвана от инките като символ на доминиращата им позиция в района на Амазонка, близо до Куско. Това обяснява до голяма степен сцените, изобразяващи сблъсъците между войниците на инките и обикновените войници, наричани „чунчос“ – обитателите на джунглата. Тези сцени са изобразени върху лакирани дървени чаши, изработени от инките.
За някои обаче Мачу Пикчу е бил важен религиозен център. Доказателство за това са олтарите, както и неговата непристъпност. Именно там инките можели да бъдат най-близо до боговете си и дори да се докоснат до тях. Дори и днес никой не може да разгадае мистерията как строителите и архитектите са успели да транспортират до върха на планината огромните блокове от варовик, необходими за издигането на града.